Aunque se trata de un documento obligatorio, hay excepciones. No es necesario que presenten el certificado energético los edificios protegidos oficialmente, por contar con un valor arquitectónico o histórico. Tampoco los que se utilicen como lugares de culto y actividades religiosas, edificios industriales, agrícolas, edificios aislados con una superficie inferior a 50 metros cuadrados o que sean adquiridos para grandes reformas o demoliciones.
También quedan exentos los edificios que se usen menos de cuatro meses al año o con un consumo energético inferior al 25 % de lo que se debería consumir en un año.